Se da por cierto que los primeros pobladores fueron recolectores y cazadores, y se presume que su llegada se remota al año 6000 a.C.
Posteriormente se asentaron en este lugar tribus Chichimecas, Pames y Jonaces; quedando constancia de las mismas en los innumerables cuesillos ubicados en El Cuervo, Puerto de Vigas, El Rodezno, Tonatico, Quirambal o Mesa de San Juan, San Pedro Escanela y el Cantón, así como en las minas de azogue que evidencian que a la llegada de los españoles, ya se conocía el proceso de la amalgamación del oro sobre la base del azogue.
Desde el año de 1534 había en la Nueva España varias provincias, entre ellas: La de Michoacán, México, Guazacualco y las Mixtecas; en años posteriores se formó la provincia de Xilotepec dentro de la que quedaron inmersos los territorios del actual Estado de México, Hidalgo, Querétaro, parte de Guanajuato y San Luis Potosí.
La primera segregación de esta provincia fue con la formación del Corregimiento de Xichú y Pusunguía en el año de 1552; la segunda segregación fue con la formación de la Alcaldía mayor de Querétaro en el año de 1578. Para el año de 1592 el corregimiento de Xichú y Pusunguía se elevó a Alcaldía mayor Real y minas de Xichú.
Siete años más tarde, en el año de 1599, fue descubierto el mineral y minas de “Escanelas”; mismas que fueron dadas en administración y bajo la jurisdicción del Alcalde mayor del Real y Minas de Xichú durante nueve años, quien nombraba un juez comisario que residía en Tonatico y que se encargaba de la administración de la región.
Dichos personajes fueron Don Lorenzo de Bonefo , de 1600 a 1604 y Don Alonso de Peralta y Cidadonia, de 1605 a 1608.
En el año de 1606 se descubre el mineral y minas de San José términos de Escanela, hoy Pinal de Amoles.
Para el año de 1609 se le dio la categoría de Alcaldía Mayor Real y Minas de Escanela; comprendiendo su jurisdicción los actuales municipios de Arroyo Seco, Jalpan de Serra, Landa de Matamoros, Pinal de Amoles, San Joaquín, Peñamiller y Cadereyta de Montes. Posteriormente, en el año de 1675, la Alcaldía mayor de Escanela pasó a Cadereyta por la decadencia en el volumen de la plata.
Cabe destacar que el Alcalde mayor era la extensión de la autoridad del Virrey en su jurisdicción y que éste nombraba tenientes de Alcalde Mayor con la aprobación de Virrey, cuando la importancia de algún pueblo agrícola, minero o ganadero lo ameritaba.
El actual Estado de Querétaro se formó a partir de los espacios jurisdiccionales de las Alcaldías Mayores de Querétaro y San Pedro Escanela.
Este tipo de gobierno continuó hasta 1786 en que se promulgó por el Rey Carlos III la real cédula de Intendencias que tuvo vigencia hasta el año de 1824 cuando el Congreso Constituyente decretó que los intendentes cesaban en sus funciones (Decreto 81) formándose las siguientes Intendencias: México, Durango, Guadalajara, Guanajuato, San Luis Potosí, Sonora, Michoacán, Oaxaca, Puebla, Veracruz, Zacatecas y Sonora; quedando Querétaro como Corregimiento de Letras, único en su género en esa época.
De esta manera desaparecieron las Alcaldías Mayores y por ende sus Alcaldes, quedando éstos como Subdelegados.
Cadereyta quedó entonces como Subdelegación y Querétaro como Corregimiento de Letras, dependientes ambos de la Intendencia de México.
Este modelo de gobierno permaneció hasta 1825 en que se promulgó la Primera Constitución del Estado de Querétaro en su Título II Del Territorio del Estado y de su división. El Territorio del Estado se integró por los partidos de Querétaro, San Juan del Río y Cadereyta.
El Territorio del Estado se dividió para lo sucesivo en seis distritos que fueron: Amealco que comprendía su cabecera y Huimilpan; Cadereyta que comprendía su cabecera, y Real del Doctor; San Juan del Río que comprendía su cabecera y Tequisquiapan; San Pedro Tolimán que comprendía su cabecera y San Francisco Tolimanejo, Santa María Peñamiller y San Miguel Tolimán; Querétaro que comprendía su capital, San Francisco Galileo, San Pedro de la Cañada y Santa Rosa; y Jalpan que comprendía su cabecera, San José de los Amoles, San Pedro Escanela, Landa, Arroyo Seco, y Nuestra Señor de Guadalupe Ahuacatlán.
Por su parte, Pacula y Jiliapan también pertenecerán a este distrito, cuando se mencione que corresponde al Estado.
Con esta Constitución dio inicio la vida conjunta de la Sierra Gorda y el Altiplano Queretano. Durante las primeras tres décadas de nuestra Independencia la Sierra Gorda sufrió por la falta de fuentes de trabajo ya que en esta región dejaron de funcionar todas la minas dada la inestabilidad de sus gobiernos, que no daban ninguna seguridad a los capitales para el desarrollo y prosperidad de la minería.
De acuerdo con el crecimiento del distrito se creó una segunda municipalidad y se le otorgó al Pueblo de Ahuacatlán de Guadalupe; pasando de esta manera a ser la segunda municipalidad del distrito de Jalpan, teniendo bajo su jurisdicción a los pueblos de San José de los Amoles, San Pedro Escanela y Bucareli. Este ayuntamiento se integró el 1º de enero de 1866.
Esta estructura política duró 28 años como cabecera de la subprefectura con sede en Ahuacatlán de Guadalupe. En el año de 1894 el prefecto del Distrito de Jalpan el C. Francisco Altamirano promovió el cambio de la Subprefectura de Ahuacatlán al mineral de Amoles, mismo que fue aceptado por el Congreso del Estado.
El cambio se llevó a cabo con fecha 30 de diciembre de 1894, en cumplimiento del decreto número 37 del 1º de noviembre del mismo año, fecha a partir de la cual lleva el nombre de Pinal de Amoles. Así, los pueblos de Ahuacatlán, San Pedro Escanela y Bucareli quedaron bajo la jurisdicción de la subprefectura de Pinal de Amoles.
Después de iniciado el movimiento revolucionario en 1910, los sistemas políticos en el país fueron muy efímeros, en relación directa con las fuerzas que ocupaban el Estado de Querétaro en poder de las distintas fracciones revolucionarias representadas por los Constitucionalistas y los Convencionistas.
En 1914 Pinal de Amoles fue elevado a categoría de Presidencia Municipal y los pueblos de Ahuacatlán, San Pedro Escanela y Bucareli funcionaban como presidencias auxiliares. El 8 de abril de 1916 se emitió un decreto en el que Jalpan es elevada a Presidencia Municipal Distrital; quedando Pinal de Amoles como Delegación de Jalpan, en tanto que los pueblos de Ahuacatlán, Bucareli y San Pedro se constituyeron como subdelegaciones.
El 29 de mayo de 1924 siendo gobernador el C. General Joaquín de la Peña y Terán, se expidió la ley número 20 aprobada por el Congreso del Estado que entre otras cosas daba la categoría de subdelegación a San Antonio Escanelilla.
Este sistema duró hasta el año de 1931 en la que el entonces gobernador Saturnino Osornio emitió una iniciativa de ley que fue aprobada por el Congreso del Estado con el número 86 de fecha 31 de diciembre de 1931, siendo publicada en el periódico oficial la Sombra de Arteaga el 7 de enero de 1932.
A partir de esta fecha, Pinal de Amoles fue nombrado Municipio Libre. Posteriormente en 1934, se elevó a Ahuacatlan de Guadalupe a la categoría de Delegación y en 1935 fueron constituidas también como delegaciones San Pedro Escanela y Bucareli. Posteriormente,se elevó a Delegación a San Antonio Escanelilla y en el año de 1944 se formó la Delegación de Santa Águeda de Pusunguía.
